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Décarbonation du Scope 3 dans l’agriculture : bâtir des chaînes d’approvisionnement durables

Responsable d’environ 21 % des émissions de gaz à effet de serre en France [1] et de 26 % à l’échelle mondiale [2], l’agriculture est à la fois un moteur des dérèglements climatiques… et l’une de leurs premières victimes. Sécheresses, inondations, maladies émergentes, appauvrissement des sols : les effets du changement climatique menacent directement sa capacité à nourrir durablement les populations.

Dans la perspective de l’atteinte de la neutralité carbone à horizon 2050 en France, le système alimentaire doit relever un triple défi climatique : réduire au maximum les émissions de gaz à effet de serre qu’il engendre, augmenter le stockage de carbone dans les sols agricoles, tout en se préparant à un climat plus chaud de +2 °C à court terme et possiblement de +4 °C à plus long terme[2] .

Face à cette pression, la transformation du modèle agricole passe par une prise en compte indispensable du Scope 3, c’est-à-dire des émissions indirectes liées à l’ensemble des étapes en amont et en aval de la chaîne d’approvisionnement.

La question n’est donc plus de savoir s’il faut agir, mais comment. Par où commencer, avec quels outils, et surtout, quels partenaires mobiliser pour passer de l’intention à l’impact ? Décryptage des leviers et acteurs clés de cette transformation.

Comprendre le Scope 3 dans l’agriculture : définition et impératifs d’action

Définition du Scope 3

Dans le secteur agricole, le Scope 3 désigne l’ensemble des émissions indirectes de gaz à effet de serre (GES) générées en dehors du périmètre direct des exploitations ou des industries agroalimentaires, mais liées à leurs activités, tout au long de la chaîne de valeur.

Ces émissions incluent notamment :

  • En amont : la production des intrants (engrais, pesticides, aliments pour animaux), les pratiques agricoles chez les fournisseurs, l’extraction et la fabrication des matériaux.

  • En aval : la transformation des produits, le conditionnement, la distribution, le transport, la vente, la consommation finale et le gaspillage alimentaire.

Selon le GHG Protocol – la méthodologie internationale de référence élaborée en 2001 par le World Resources Institute (WRI) et le World Business Council for Sustainable Development (WBCSD) – les émissions sont classées en trois périmètres :

  • Scope 1 : émissions directes (ex. : méthane des ruminants, carburant des tracteurs).

  • Scope 2 : émissions indirectes liées à l’énergie achetée (par exemple pour le chauffage des serres en maraîchage, le fonctionnement des systèmes de ventilation ou de traite en élevage ou encore l’irrigation et le séchage des céréales en grandes cultures).

  • Scope 3 : autres émissions indirectes liées aux partenaires, fournisseurs, clients.

Dans le secteur de l’agroalimentaire, le Scope 3 représente la part la plus importante de l’empreinte carbone, atteignant jusqu’à 95 % des émissions totales pour certaines entreprises[3] dont 82 % provenant de l’agriculture[3]. Cette prédominance montre que se concentrer uniquement sur les émissions directes (Scope 1 et 2) reste insuffisant face à l’ampleur du défi climatique.

Les principaux postes d’émissions ne relèvent pas directement des opérations de l’entreprise : production agricole, fabrication des intrants, transport, transformation, distribution ou encore fin de vie des produits.

Agir sur le Scope 3 implique donc de mobiliser l’ensemble des acteurs de la chaîne de valeur, y compris ceux qui ne relèvent pas juridiquement de l’entreprise, rendant la décarbonation à la fois stratégique et complexe à piloter.

Les impératifs d’action

Face à cette réalité, plusieurs impératifs s’imposent pour réussir la décarbonation du Scope 3 dans l’agriculture :

  • Engagement collectif et transversal : la réduction des émissions du Scope 3 nécessite la mobilisation de l’ensemble des acteurs de la chaîne de valeur — agriculteurs, fournisseurs, transformateurs, distributeurs, consommateurs. Seule une coopération transversale permet de générer un impact réel.

  • Transparence et traçabilité : il est essentiel de disposer de données fiables et précises sur les émissions à chaque étape pour identifier les leviers d’action prioritaires et suivre les progrès.
  • Innovation et adoption de pratiques durables : cela inclut la réduction de l’usage des intrants polluants, l’optimisation des modes de transport, l’amélioration des pratiques agricoles (agroécologie, agroforesterie, stockage de carbone dans les sols) et la transformation durable des produits.

  • Collaboration et incitations : des partenariats entre acteurs publics et privés, ainsi que des mécanismes d’incitation financière ou réglementaire, sont nécessaires pour accompagner et accélérer la transition.

  • Sensibilisation des consommateurs : le changement des habitudes de consommation vers des produits à faible empreinte carbone joue également un rôle clé.

Identifier les principaux postes d’émissions : où se cache le carbone?

Les émissions indirectes de l’industrie agroalimentaire sont majoritairement liées à l’amont agricole, mais aussi au transport, au conditionnement, à la distribution, à la consommation et à la gestion des déchets.

La majorité des émissions de gaz à effet de serre du secteur agroalimentaire provient de la phase de production agricole. Les matières premières agricoles et leurs déchets représentent à eux seuls entre 65 % et 85 % de l’empreinte carbone du secteur agroalimentaire[4].

Au niveau de l’exploitation agricole, les principaux gaz à effet de serre (GES) émis sont :

  • Le méthane (CH4) constitue 45 % des émissions agricoles[4]. Il provient principalement de la fermentation entérique des ruminants et de la gestion des effluents d’élevage[4].
  • Le protoxyde d’azote (N2O) représente 42 % des émissions agricoles[4]. Il est majoritairement issu de l’utilisation d’engrais azotés et des pratiques agricoles.

Le dioxyde de carbone (CO2) est lié à la consommation de combustibles fossiles pour les engins agricoles, l’irrigation, le séchage et le stockage.

Scope 3 : répartition des GES liés à l’agriculture par gaz

Au-delà de la ferme, d’autres étapes de la chaîne de valeur contribuent également aux émissions :

  • Le transport représente 10 % de l’empreinte agroalimentaire[5,11]. Les chaînes logistiques longues et complexes, notamment pour les produits frais nécessitant des transports frigorifiques, sont de grandes consommatrices d’énergie et génératrices de CO2. Un produit alimentaire tel qu’un aliment ou une boisson peut parcourir entre 1 500 et 2 500 km[6].
  • La transformation et les processus industriels contribuent à 20 % de l’empreinte, incluant l’énergie et l’emballage[5,11]. La fabrication d’emballages représente 2 % des émissions de GES de la chaîne alimentaire[6].
  • La distribution et la consommation incluent le transport vers les points de vente, la réfrigération, le stockage, la préparation culinaire domestique et le gaspillage alimentaire, responsable d’environ 7 % des émissions mondiales de CO2[7].
Répartition des émissions de GES dans la chaîne agroalimentaire

Les leviers de décarbonation : des solutions concrètes pour l’agriculture bas carbone

La décarbonation de l’agriculture repose sur un ensemble de leviers – agronomiques, technologiques, économiques – à activer depuis la parcelle jusqu’à l’ensemble de la chaîne de valeur.

L’objectif étant de réduire l’empreinte carbone du secteur de 46 % d’ici 2050 tout en augmentant la séquestration du carbone dans les sols[8].

Le Label bas-carbone (LBC), créé en 2018, constitue aujourd’hui l’un des outils phares de cette transition. Il permet de certifier et financer des projets agricoles de réduction d’émissions de GES ou de captation de carbone dans les puits naturels (sols, biomasse)[8,9].

Ces projets s’appuient sur des méthodes validées par le ministère de la Transition écologique et sont vérifiés par des tiers indépendants. Chaque tonne de CO₂ évitée ou stockée génère un crédit carbone monétisable auprès d’acteurs privés engagés dans la contribution climat.

👉 Article à lire en complément : Tout ce qu’il faut savoir sur le Label bas-carbone en agriculture.

D’autres leviers, tels que les primes filières, l’éco-régime de la PAC, les MAEC (Mesures Agro-Environnementales et Climatiques), ou encore les PSE (Paiements pour Services Environnementaux), contribuent activement à l’effort collectif des acteurs du monde agricole en faveur de la transition agroécologique. Ces dispositifs incitatifs permettent de soutenir les pratiques agricoles durables, de valoriser les engagements environnementaux des exploitants, et d’accompagner les changements de modèle vers une agriculture plus respectueuse des ressources naturelles et adaptée aux enjeux climatiques.

Des pratiques concrètes à l’échelle de l’exploitation

Parmi les leviers techniques les plus structurants :

  • Gestion durable des sols : cultures intermédiaires, valorisation des résidus, apports organiques (compost, effluents), agroforesterie, plantation de haies, pratiques sans labour (no-till).

Ces pratiques sont au cœur de l’agriculture de conservation des sols, qui combine couverture permanente, diversification culturale et réduction du travail du sol, avec des bénéfices multiples sur la fertilité, le stockage de carbone et la résilience agroécologique.

  • Réduction des intrants chimiques (notamment l’azote minéral) et optimisation de la consommation d’énergie par l’adaptation des itinéraires techniques et des équipements agricoles.

  • Transformation des systèmes d’élevage : alimentation optimisée, valorisation des effluents via méthanisation, couverture des fosses pour limiter les émissions de CH₄.

Des leviers au-delà de la ferme

Les efforts doivent aussi porter sur l’amont et l’aval de la chaîne :

  • Circuits courts : réduction des distances de transport, fraîcheur des produits, meilleure valorisation du travail agricole et soutien de l’économie locale.

  • Choix de fournisseurs responsables, engagés dans des pratiques agro-écologiques, essentiels pour réduire les émissions du Scope 3 des industries agroalimentaires.

  • Sobriété énergétique et , pour réduire les consommations et repenser la production selon l’ensemble du cycle de vie des produits.

Une stratégie nationale pour massifier les impacts

Pour accélérer la transition agro-écologique, des mécanismes d’accompagnement sont nécessaires à grande échelle. L’analyse n°196 du Ministère de l’Agriculture[9] identifie quatre axes d’action prioritaires :

  • Former et sensibiliser : mieux diffuser les outils existants (Label bas-carbone, PSE, contrats agro-environnementaux) via les chambres d’agriculture, lycées agricoles et relais territoriaux, tout en garantissant une communication responsable.

  • Simplifier et harmoniser : aligner les référentiels, faciliter le cumul des aides (PAC, crédits carbone), promouvoir les projets collectifs pour réduire les coûts de certification.

  • Renforcer les cadres réglementaires : intégrer la décarbonation dans la PAC, aligner les politiques agricoles, climatiques et énergétiques, renforcer le reporting extra-financier (CSRD, Pacte vert, taxonomie verte).

  • Ajuster la fiscalité : conditionner ou réviser les exonérations sur les énergies fossiles (TICPE, TICGN), taxer les intrants les plus émetteurs, et développer des incitations positives (crédits d’impôt, prêts verts, garanties publiques).

Le rôle des acteurs clés : une démarche collective pour la durabilité

La transition vers une agriculture et une alimentation bas carbone repose donc sur une dynamique collective, impliquant tous les maillons de la chaîne de valeur.

  • Les agriculteurs sont en première ligne : leurs pratiques influencent directement les émissions de GES à la source (Scope 1) et conditionnent l’empreinte carbone de leurs partenaires en aval (Scope 3). En adoptant des pratiques durables, ils renforcent aussi leur propre résilience économique et peuvent accéder à des mécanismes incitatifs (crédits carbone, contrats bas carbone).

  • Les coopératives agricoles jouent un rôle d’accélérateur en structurant les transitions à l’échelle territoriale. Elles assurent un accompagnement technique, diffusent les bonnes pratiques et peuvent redistribuer des revenus issus des projets de contribution carbone.

  • Les industries agroalimentaires (IAA), bien que peu émettrices en direct (≈11 %)[2], détiennent un fort levier d’action via leurs achats, qui concentrent jusqu’à 90 % de leur empreinte (Scope 3)[3]. Leur action passe par l’éco-conception[11] , la sobriété énergétique, la diversification du mix énergétique, et surtout, des partenariats durables avec les fournisseurs.

  • Les distributeurs, par leur logistique et leur position d’intermédiaire, peuvent réduire les émissions via l’optimisation des flux, le soutien aux circuits courts et la reterritorialisation de l’offre alimentaire. Leur pouvoir d’influence s’exerce aussi par la sélection de produits proposés au consommateur.

  • Les consommateurs, enfin, détiennent un pouvoir de transformation via leurs choix alimentaires. Une alimentation plus végétale, locale et peu transformée, ainsi qu’une réduction du gaspillage, peuvent diviser par deux les émissions liées à l’alimentation[10].
Les acteurs de la chaîne agroalimentaire : différents niveaux d'impact sur les émissions de carbone

Cette dynamique suppose une responsabilité partagée et des partenariats long terme, où chaque acteur investit pour décarboner la chaîne dans son ensemble. Transparence, sensibilisation et partage de données constituent les piliers d’une décarbonation à l’échelle d’une filière.

Vers une agriculture et une alimentation bas carbone

Le secteur agroalimentaire ne peut plus se satisfaire d’ajustements incrémentaux. Face aux bouleversements écologiques, économiques et géopolitiques, la décarbonation s’impose comme un levier central — non seulement pour réduire l’impact environnemental, mais aussi pour renforcer la résilience des filières, la compétitivité des territoires et la qualité de notre alimentation. Le Scope 3, en concentrant la majorité des émissions, incarne à la fois l’ampleur du défi et le potentiel d’action.

Réduire ses propres émissions, contribuer à celles de ses partenaires, séquestrer durablement le carbone : cette triple exigence appelle une transformation structurelle de l’ensemble du système alimentaire.

Loin d’être une contrainte, cette évolution ouvre la voie à de multiples co-bénéfices : restauration de la fertilité des sols, valorisation du travail agricole, innovations agronomiques et refondation des modèles économiques vers davantage de durabilité et d’équité.

Pour réussir cette transition, une seule condition : agir collectivement, de manière structurée et cohérente, à toutes les échelles de la chaîne de valeur. C’est à ce prix que l’agriculture pourra relever le défi climatique tout en construisant un avenir plus résilient, plus juste et plus souverain.

Oklima : un acteur stratégique pour accompagner les filières agricoles dans leurs objectifs de décarbonation  

Oklima accompagne les industriels de l’agroalimentaire et de la distribution dans la réduction des émissions de leur scope 3 amont, en menant des projets de transition bas carbone directement auprès des agriculteurs fournisseurs. 

Objectif : permettre aux entreprises de réduire concrètement leur empreinte carbone en transformant leur amont agricole, tout en soutenant la transition agroécologique de leurs filières.

Notre approche repose sur notre expertise du Label Bas Carbone, adaptée ici à un modèle de « prime filière bas carbone » : les acteurs avals financent en amont les changements de pratiques agricoles (réduction d’intrants, amélioration de la séquestration, etc.) auprès de leurs producteurs. 

Nous intervenons en 4 étapes clés : 

  • Étude de faisabilité : cartographie des pratiques, potentiel de réduction d’émissions, estimation des gains carbone.
  • Lancement du projet : coordination des diagnostics carbone, contractualisation et organisation du financement vers les agriculteurs.
  • Suivi technique et carbone : évaluation annuelle des progrès, calcul des facteurs d’émission spécifiques des matières premières.
  • Clôture et valorisation : audit des résultats, reporting pour les bilans GES et communication externe. 
Contactez-nous

Notes de référence :

[1] Citepa, 2022, Inventaire des émissions de polluants atmosphériques et de gaz à effet de serre en France.

[2] Haut conseil pour le climat Accélérer la transition climatique avec un système alimentaire bas carbone, résilient et juste, PDF Janvier 2024

[4] Process Alimentaire, Lactalis déroule sa feuille de route vers le « net zéro » en 2050, 25 10 2024

[5]  Ministère de l’Agriculture et de la Souveraineté Alimentaire, Infographie – Le secteur agricole et forestier est à la fois émetteur et capteur de gaz à effet de serre

[5] Open Lande, « Dossier : la décarbonation dans l’agroalimentaire », 10 avril 2025

[6] Institut Paris Région – Des circuits courts durables ? De l’utopie… à la réalité –

[7] Action Climatique, Circuit court alimentaire : réduire son empreinte carbone par des achats directs chez le producteur

[8] Ministère de la Transition écologique et de la Cohésion des territoires, 2020, Stratégie nationale bas-carbone (SNBC)

[9] Ministère de l’Agriculture et de la Souveraineté Alimentaire, Dispositifs de décarbonation de l’agriculture : leviers et perspectives – Analyse n°196, 29 09 2023

[10] ADEME, Alimentation durable : l’affaire de tous, fevrier 2023

[11] ADEME Améliorez la performance environnementale de vos produits, procédés et services grâce à l’écoconception

[12] Urbanomy, Concrétiser la décarbonation de l’agroalimentaire, 22 05, 2025

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